etckeeperは分散型バージョン管理ツールを用いて、/etc配下をほぼ自動的に版管理してくれるツールです。

Ubuntuにはパッケージが提供されているのでインストールは楽ちんです。

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% sudo aptitude install etckeeper

/etc/etckeeper/etckeeper.confを編集してGitを使用するようにします。

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# The VCS to use.
#VCS="hg"
VCS="git"
#VCS="bzr"
#VCS="darcs"

初期化コマンドを実行します。

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% sudo etckeeper init

このコマンドにより/etc配下がGitリポジトリ化されます。

初回コミットも実行しておきます。

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% sudo etckeeper commit 'Initial import.'

素のGitと異なり、-mオプションは不要です。
コメントを引数に渡さない場合は適宜エディタが起動します。

パッケージのインストールによって/etc/cron.daily/etckeeperが作成されており、日付が変わったタイミングでコミットを行ってくれます。
また、/etc/apt/apt.conf.d/05etckeeperも追加されており、APTの実行タイミングでも自動的にコミットしてくれます。